โครงสร้างจุลภาคของแป้งประกอบด้วยโครงสร้างวงจรโมเลกุลขนาดใหญ่ที่ประกอบด้วยหน่วยกลูโคซิล โมเลกุลแป้งมีหมู่ไฮดรอกซิลจำนวนมาก ทำให้พวกมันสามารถทำปฏิกิริยากับรีเอเจนต์เคมีหลายชนิดเพื่อผลิตแป้งดัดแปรได้หลากหลาย โดยทั่วไป วิธีการดัดแปลงทางเคมีสำหรับแป้งประกอบด้วยกรดไฮโดรไลซิส ออกซิเดชัน เอริฟิเคชัน เอสเทอริฟิเคชัน และการเชื่อมโยงข้าม- วิธีทางเคมีเป็นแนวทางที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการดัดแปลงแป้ง
การไฮโดรไลซิสของกรดถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมแป้ง Jianmin Man และคณะ ตรวจสอบการไฮโดรไลซิสของกรดของแป้งข้าวดัดแปรพันธุกรรม-อะมิโลสสูงภายใต้สภาวะ HCl 2.2 โมล/ลิตร ในระหว่างกระบวนการไฮโดรไลซิสด้วยกรด อุณหภูมิการเกิดเจลจะลดลงในช่วงเริ่มต้น ในขณะที่อุณหภูมิไฮโดรไลซิสจะเพิ่มขึ้นทั้งในช่วงพีคไฮโดรไลซิสและขั้นตอนสุดท้าย ค่าการดูดความร้อนเริ่มเพิ่มขึ้นและลดลงในเวลาต่อมาในขณะที่กรดไฮโดรไลซิสดำเนินไป ในขณะที่ทั้งพลังการบวมตัวและความสามารถในการละลายของแป้งข้าวดัดแปลงพันธุกรรม-อะมิโลสสูงเพิ่มขึ้น แป้งไฮดรอกซีโพรพิเลชันเป็นรูปแบบเฉพาะของแป้งอีเทอร์ริฟิเคชั่น แป้งไฮดรอกซีโพรพิลเลตสามารถลดการย่อยสลายแป้งและเปลี่ยนแปลงลักษณะเฉพาะ เช่น อุณหภูมิการเกิดเจลและความหนืดของแป้ง
โอลายด์ เอส. ลาวาล และคณะ. พบว่าหลังจากการดัดแปลงไฮดรอกซีโพรพิล แป้งลูกเดือยนิ้วมีความสามารถในการบวมตัวอิสระและระดับการแทนที่ฟันกรามเพิ่มขึ้น ในขณะที่ความขุ่น เปอร์เซ็นต์การถอยหลังเข้าคลอง และอัตราการย่อยสลายลดลง การเชื่อมโยงข้าม-และเอสเทอริฟิเคชันมักถูกนำมาใช้เพื่อดัดแปลงแป้งพื้นเมือง โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการผลิตวัสดุที่มีความไวต่อน้ำต่ำ เอสเทอริฟิเคชันช่วยให้ผลิตภัณฑ์แป้งไม่ชอบน้ำโดยการแทนที่หมู่ไฮดรอกซิล วัตถุประสงค์ของการรักษาแบบเชื่อมโยงข้าม-คือการแนะนำการเชื่อมโยงภายใน- และระหว่างโมเลกุลเพิ่มเติมที่ตำแหน่งสุ่มภายในเม็ดแป้ง นอกจากนี้ โดยการเพิ่มความหนาแน่นของการเชื่อมโยงข้าม-ภายในโครงสร้างแป้ง การบำบัดนี้ยังทำหน้าที่จำกัดการดูดซึมน้ำอีกด้วย
